Il patrimonio bibliografico copre in maniera completa e aggiornata i settori di specializzazione della Biblioteca. Esso è costituito da:
| circa 200.000 monografie dal 1601 ad oggi;
| 1500 testate di periodici, di cui 180 correnti;
| 6 quotidiani, di cui 2 correnti;
| un fondo musicale;
| fondi antichi e di pregio, che contengono: 4 manoscritti latini membranacei, 5 codici musicali, circa 300 manoscritti moderni, 12 legature medievali, 16 incunaboli in 21 volumi, 145 edizioni del XVI secolo in 160 volumi, libri a stampa antichi e rari;
| materiali non bibliografici (immagini di pietà, cartoline, dischi in vinile).
Cataloghi
Dal 1967 al 2000, il Catalogo principale della Biblioteca è stato il Catalogo dizionario o Catalogo alfabetico generale (autori, titoli, soggetti). È un catalogo cartaceo, a schede, scritto a mano, secondo le Regole di catalogazione della Biblioteca Apostolica Vaticana.
È ancora in uso per la ricerca della maggior parte dei libri pubblicati prima del 2000, ma attualmente è affiancato per il libri stampati dopo il 2000 o catalogati dopo tale data, dal catalogo elettronico e partecipato CEI-Bib consultabile all’indirizzo internet http://www.ceibib.it/eosweb/opac/ (limitando la ricerca a: Bergamo – Biblioteca del Seminario vescovile).